จากการดำเนินการที่ผ่านมาสถาบันวิจัยพุทธศาสตร์ได้มีการกำหนดยุทธศาสตร์ เป้าประสงค์ กลยุทธ์การวิจัยอย่างต่อเนื่องโดยให้มียุทธศาสตร์สอดคล้องกับแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ ยุทธศาสตร์การวิจัยของสำนักงานคณะกรรมการวิจัยแห่งชาติ (วช.) แผนพัฒนามหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยในระยะต่างๆ โดยในแผนพัฒนามหาวิทยาลัยระยะที่ 11 (พ.ศ.2555-2559) สถาบันวิจัยพุทธศาสตร์ได้กำหนดยุทธศาสตร์ เป้าประสงค์และกลยุทธ์ ดังนี้
ปรัชญา บูรณาการวิจัยด้านพระพุทธศาสนากับศาสตร์สมัยใหม่เพื่อพัฒนาจิตใจและสังคม
ปณิธาน ศูนย์กลางการวิจัยพระพุทธศาสนา บูรณาการกับศาสตร์สมัยใหม่ เพื่อพัฒนาจิตใจและปัญญาในระดับชาติและนานาชาติ
เป้าประสงค์ สถาบันวิจัยพุทธศาสตร์และมหาวิทยาลัยมีองค์ความรู้และผลงานวิจัยทางพระพุทธศาสนาที่ได้รับการเผยแพร่ การประยุกต์ใช้ในการพัฒนาจิตใจและสังคมทั้งในระดับชาติและนานาชาติ
ยุทธศาสตร์ด้านการวิจัย ส่งเสริมการวิจัยและพัฒนาองค์ความรู้เพื่อเพิ่มศักยภาพการวิจัยทางพระพุทธศาสนาในระดับชาติและนานาชาติ
กลยุทธ์
1. พัฒนานักวิจัย ผลิตผลงานวิจัยด้านพระพุทธศาสนาที่ครอบคลุมทุกกลุ่มความรู้ และสร้างเครือข่ายความร่วมมือนักวิจัยและการวิจัยระดับชาติและนานาชาติ
2. ส่งเสริมให้มีการเผยแพร่ผลงานวิจัยในระดับชาติและนานาชาติ
3. ส่งเสริมและสนับสนุนการนำองค์ความรู้จากการวิจัยไปใช้ในการเรียนการสอน การพัฒนาบุคคลและสังคม และกิจการคณะสงฆ์ทั้งในระดับชาติและนานาชาติ
4. ส่งเสริมให้ผลการวิจัยได้รับการอ้างอิง การนำเสนอ การนำไปใช้ การตีพิมพ์ และได้รับรางวัลระดับชาติและนานาชาติ
5. พัฒนาระบบการบริหารการจัดการงานวิจัยระดับชาติและนานาชาติ
พันธกิจ
1. กำหนดระบบและกลไกที่สอดคล้องกับนโยบาย ยุทธศาสตร์การวิจัยและงานสร้างสรรค์ของมหาวิทยาลัย
2. ศูนย์กลางการบริหารจัดการงานวิจัย/งานสร้างสรรค์ของมหาวิทยาลัย
3. ส่งเสริมและพัฒนานักวิจัยและเสริมสร้างจรรยาบรรณแก่นักวิจัย
4. สนับสนุนการดำเนินงานเครือข่ายงานวิจัยเพื่อพัฒนาโครงการวิจัยเชิงบูรณาการ
5. เผยแพร่องค์ความรู้จากผลงานวิจัย/งานสร้างสรรค์สู่ท้องถิ่น ชุมชน สังคม และนานาชาติ
6. พัฒนาระบบบริหารจัดการองค์กรอย่างมีประสิทธิภาพและโปร่งใส
วัตถุประสงค์
1.เพื่อส่งเสริมและสนับสนุนให้คณาจารย์และนักวิชาการของมหาวิทยาลัยทำการวิจัยพื้นฐาน สร้างและพัฒนาองค์ความรู้ในสาขาวิชาต่าง ๆ เพื่อความเข้มแข็งและเป็นเลิศทางวิชาการพระพุทธศาสนา
2. เพื่อส่งเสริมและสนับสนุนให้คณาจารย์และนักวิชาการของมหาวิทยาลัยทำวิจัยเชิงประยุกต์สู่การปฏิบัติและพัฒนางานสร้างสรรค์แก่สังคมทั้งในระบบจุลภาคและมหภาค
3. เพื่อส่งเสริมและสนับสนุนให้คณาจารย์นำผลของการวิจัยมาใช้สอนนิสิตและพัฒนางานวิชาการ
4. เพื่อส่งเสริมและสนับสนุนให้เกิดความร่วมมือกับบุคลากรของสถาบันอุดมศึกษาทั้งในและต่างประเทศและเป็นศูนย์บริการข้อมูลเพื่อการวิจัยและพัฒนาด้านพระพุทธศาสนา
5. ส่งเสริมและสนับสนุนการทำวิจัยร่วมกันระหว่างบุคลากรและองค์กรทั้งในระดับชาติและนานาชาติ
6. ส่งเสริมและสนับสนุนการเผยแพร่ผลงานวิจัยและฝึกอบรมการนำผลการวิจัยไปใช้สู่สาธารณะเพื่อประโยชน์ทางวิชาการและการพัฒนาที่มีคุณภาพแก่มนุษย์และสังคม